La causa no está aclarada totalmente. Se sabe que la alopecia areata tiene un origen autoinmune, es decir, las defensas del propio organismo atacan a la raíz del pelo produciendo una inflamación que hace que se caiga y no vuelva a crecer hasta que la inflamación cese. El motivo por el que se desencadena esta reacción inflamatoria es completamente desconocido.
Existen pruebas de que la genética influye en el desarrollo de la alopecia areata. El estrés puede actuar como desencadenante.